Андрей Тимофеевич составил и издал первое на русском языке печатное руководство по морфологии и линнеевской систематике растений. Занимался исследованиями изменчивости растений. В журнале «Экономический магазин», который Болотов издавал в 1780–1789 годах, напечатано более ста статей о лекарственных и съедобных травах.